西南醫(yī)院消化科是集醫(yī)、教、研于一體的臨床科室，由劉為紋教授于上世紀(jì)50年代創(chuàng)建。1958年組建消化實驗室，為國內(nèi)最早的專科實驗室之一。1978年成為首批碩士學(xué)位授權(quán)點，1986年成為博士學(xué)位授權(quán)學(xué)科。1988年為第三軍醫(yī)大學(xué)首批重點學(xué)科，1995年為四川省重點學(xué)科。1998年獲批為博士后流動站。1998年為國家臨床藥理研究基地，1999年為重慶市首批重點學(xué)科，2000年為全軍消化病?？浦行模?001年為重慶市消化病研究所，2005年成為全軍消化病研究所。擁有2個病區(qū)、1個消化內(nèi)鏡中心和1個重慶市重點實驗室，展開病床80張，總面積共2500平方米，年門診量23775人次，年收治病人1851人次。2006年消化科內(nèi)鏡中心成為國家衛(wèi)生部西南片區(qū)唯一的內(nèi)鏡培訓(xùn)基地。實驗室設(shè)有分子生物學(xué)室、細胞培養(yǎng)室、生化室、病理室、免疫組化室、放免室、胃腸動力學(xué)室、胃電圖室等，開展細胞培養(yǎng)、蛋白質(zhì)純化、PCR檢測、Southen雜交、Northern雜交、原位雜交、基因轉(zhuǎn)染、DNA測序、放免測定及胃腸功能檢測等多項實驗技術(shù)。消化科針對胃腸道腫瘤和慢性肝臟疾病，從胃癌及癌前病變的分子遺傳機制及消化道腫瘤的針對新靶位治療研究、慢性肝病并發(fā)癥的機體適應(yīng)性的分子機制、胃腸道的黏膜保護機制和內(nèi)鏡下消化道早期腫瘤的診治為研究方向。“十五”以來，共承擔(dān)國家自然科學(xué)基金20項、省部級（軍隊）課題5項，科研經(jīng)費420萬元；發(fā)表論文457篇，其中SCI收錄論文34篇；主編專著10部，獲得實用型專利1件。1987年以來共獲得省部級二等獎以上科技成果獎20項，其中國家科技進步二等獎1項，省部級（軍隊）二等獎19項。消化科地處我國西南地區(qū)，為西南地區(qū)培養(yǎng)和輸送大量消化病學(xué)的高層次人才，為提高本地區(qū)消化系疾病防治水平，改變西南地區(qū)消化系疾病發(fā)病率高、醫(yī)務(wù)人員特別是高層次人才匱乏的狀況作出了貢獻，“十五”期間，共招收博士后2名，博士研究生67名（畢業(yè)56名），碩士研究生92名（畢業(yè)74名）。舉辦了“早期胃癌及癌前病變新進展學(xué)習(xí)班”、“全國消化內(nèi)鏡學(xué)習(xí)班”、“全國消化病學(xué)院巡回教育培訓(xùn)班”3期，共有來自全國各地的1100余人參加培訓(xùn)；培養(yǎng)了來自全國25個省市自治區(qū)的進修生184名（32人來院進修時即具有高級職稱），目前受訓(xùn)人員已有50名成為二甲以上醫(yī)院內(nèi)科的學(xué)科學(xué)術(shù)帶頭人。作為全軍消化病研究所，堅持為軍服務(wù)的主體思想，旨在提高部隊在戰(zhàn)爭應(yīng)急、胃腸功能疾病的紡織及科研水平，提高我軍戰(zhàn)斗力，已成為我軍高層次消化系疾病專業(yè)人才的培養(yǎng)基地和消化系疾病的防治中心，消化科在“十五”已向軍隊各級醫(yī)院輸送畢業(yè)生35人，均已成為各單位的業(yè)務(wù)骨干。人才結(jié)構(gòu)：科室人才梯隊合理，形成了以中青年為骨干的優(yōu)秀科技干部隊伍，主系列人員全部具有博士以上學(xué)位，十五”期間，新增博士生導(dǎo)師2名、碩士生導(dǎo)師3名；現(xiàn)有工作人員82人，主系列人員51人，留學(xué)歸國人員6人，博士生導(dǎo)師3人，碩士生導(dǎo)師3人。在編高級職稱8人，正高5人，副高3人，平均年齡40.5歲；中級職稱7人，平均年齡29歲；初級職稱13人，平均年齡24歲。主系列在編人員博士后4人，博士12人，碩士6人，本科生6人。業(yè)已形成一支由中青年專家領(lǐng)銜、結(jié)構(gòu)優(yōu)化、具有較強競爭力的學(xué)術(shù)梯隊。